【スタッフ向け実務解説】適格合併の別表調整をマスターしよう！

2025年12月22日

税理士法人松野茂税理士事務所
組織再編担当より

はじめに

完全子会社を吸収合併するケースは、グループ内再編で頻繁に発生します。適格合併では会計上と税務上の仕訳が異なるため、別表調整が複雑になりがちです。本記事では、エクセルを使った実務的なアプローチで、別表調整の考え方をステップバイステップで解説します。　１００％完全子会社の場合は無対価適格合併となります。

前提：適格合併とは

適格合併とは、税制適格要件を満たした合併で、資産・負債を帳簿価額で引き継げる合併です。

繰越欠損金の使用制限に注意！

M&Aで子会社株式を取得した場合など、支配関係が5年未満の場合は、繰越欠損金や特定資産譲渡等損失額の損金算入に制限がかかります。

重要なアドバイスポイント：

合併法人の合併事業年度開始日の5年前から支配関係が継続していれば制限なし
仮にＭ＆Ａにより子会社株式を取得した場合などは【合併法人の合併事業年度開始の日の5年前の日（または設立美のいずれか遅い日）から支配関係が継続している。】などの条件を見たいしている場合は繰越欠損金及び特定譲渡資産の損失額の制限はかかりませんので５年経過してから合併するように助言することが重要です。

みなし共同事業要件（5年未満でクリアする方法）

5年未満でも以下の要件を満たせば使用制限を回避できます：

A. 事業関連性要件

被合併法人と合併法人の主要事業が相互に関連していること。シナジー効果を目的とした合併なら通常満たします。

B. 事業規模要件

関連事業の規模比較で、その割合がおおむね5倍を超えないこと。

比較指標：売上高、従業員数、資本金等
いずれか1つでも満たせばOK

C. 経営参画要件（特定役員引継要件）

事業規模要件を満たせない場合の代替要件。被合併法人の特定役員（社長、副社長、代表取締役等）が合併後も合併法人の特定役員として経営参画することが見込まれること。

設例：A社がB社（完全子会社）を合併

前提条件

A社（合併法人）

B社株式の簿価：50,000円

B社（被合併法人）の貸借対照表

資産	100,000円	負債	60,000円
		未払法人税等	1,000円
		資本金	10,000円
		利益剰余金	29,000円

未払法人税等の内訳

法人税+地方法人税+住民税：800円
事業税：200円

申告実務の重要ポイント

被合併法人B社の最終申告

提出先： 合併法人A社の所轄税務署
申告書の名称： 「株式会社A社（被合併法人株式会社B社）」
利用者識別番号： A社の番号を使用
地方税： 原則A社の番号（自治体により異なる場合あり）
添付書類： 「組織再編に係る主要な事項の明細書」を作成

別表調整の実務手順（エクセル活用法）

慣れると頭の中でできますが、最初はエクセルで丁寧に仕訳を分解していきましょう。

ステップ1：税務上の仕訳を作成

注1： 事業税200円は利益積立金額に含めます（損金算入時期の問題）
注2： 抱合株式は資本等の金額のマイナスとして処理

ステップ2：会計上の仕訳を作成

会計上は、B社株式の簿価50,000円と受け入れる純資産39,000円（100,000-60,000-1,000）の差額11,000円が抱合株式損となります。

ステップ3：税務修正仕訳を作成（A-B）

税務上の仕訳から会計上の仕訳を控除します：難しいのでエクセルを利用すると正しい数字が簡単にできます。

日頃行わない税務修正仕訳は細心の注意を払って作ります。

合計 50,200円

ステップ4：利益積立金額で分解（別表調整の核心）

最終的な別表調整：

ポイント：　最重要事項です　期中で調整すると難しくてなかなか作業が進みません。期首でまとめて調整している事務所が多いと思います。

　抱合株式の消滅損は別表４で加算して別表５に数字が連動しますが利益積立金額のマイナスを入れて０円にします。
　未払法人税は理屈では期中に合併により追加しますが、期首に調整した方が間違いは少なくなり理解しやすいです。
　期首の数字を加算すると自動で出来上がります。ここは実践すれはできます。
　資本等のマイナス　利益積立金額のプラスの仕訳も　期首に趙瀬した方が間違いは少なくなります。
　最後の仕訳はプラスマイナす同額なので何もしません。