過少申告加算税の基本構造と「正当な理由」－判例で読み解く実務対応

2026年8月13日

はじめに

税務調査の現場で必ず向き合うことになるのが「過少申告加算税」です。条文自体はシンプルに見えますが、実際には「修正申告に応じるか、更正処分を求めるか」「更正を予知していたと言えるのか」「正当な理由は認められるのか」といった、判例の積み重ねによって初めて輪郭が見えてくる論点が数多くあります。

本稿は、近畿税理士会の研修(講師:八ツ尾順一先生)で取り上げられた内容を踏まえ、国税通則法65条の基本構造から出発し、加算税をめぐる主要判例、そして国外財産調書制度・書面添付制度・CRS(共通報告基準)といった周辺制度までを、実務目線で整理したものです。

1. 過少申告加算税の基本構造(国税通則法65条1項・2項)

第1項(基本税率)

期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、その修正申告又は更正に基づき納付すべき税額に、原則として**10%**の割合を乗じた金額が過少申告加算税として課されます。

ただし、調査通知後に提出された修正申告書であって、その提出が調査による更正を予知してされたものではない場合には、括弧書きにより税率は**5%**となります。5%の適用は独立した項ではなく、1項本文の括弧書きとして規定されている点に注意が必要です。

なお、調査通知前かつ更正予知前に自主的な修正申告をした場合には、第6項により第1項自体が適用されず、過少申告加算税は課されません(0%)。「更正予知前であれば一律5%」ではなく、調査通知の前後で0%か5%かが分かれる点が実務上のポイントです。

第2項(加重規定)

第1項の納付すべき税額が、期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額を超えるときは、その超える部分について**さらに5%**が加算されます。

第3項(用語の定義)

第2項の適用にあたって用いる「累積増差税額」「期限内申告税額」といった用語の意義を定める規定です。税額計算の技術的な基準を定めるものであり、加算税率そのものを定める規定ではありません。

設例で確認する

当初の法人税の申告税額は300万円であったが、税務調査の結果、申告税額が800万円となり、更正処分を受けた。

増差税額:800万円-300万円=500万円
更正処分のため第1項は10%適用 → 500万円×10%=50万円
判定基準額:期限内申告税額(300万円)>50万円 → 基準額は300万円
超過部分:500万円-300万円=200万円 → 200万円×5%=10万円
合計:50万円+10万円=60万円

判定基準額を「期限内申告税額」と「50万円」のどちらにするかを見誤ると計算を誤るため、必ずこの比較を先に行うことが実務上のポイントです。

時系列で見た加算税率の全体像

修正申告等のタイミング	根拠条文	加算税率
調査通知前に自発的に修正申告(更正予知なし)	第6項(第1項が適用されない)	0%
調査通知後、更正予知前に修正申告	第1項本文の括弧書き	5%
更正を予知して修正申告、又は更正処分	第1項本文	10%
上記に第2項加重が加わる場合	第2項	+5%

なお、第5項により「正当な理由」があると認められる部分の税額は、いずれの段階でも計算基礎から控除されます。

2. 修正申告か、更正処分か－税理士としての選択

税務調査で指摘を受けた場合、修正申告に応じるか、更正処分を求めるかは、単なる税額の損得だけでは決められない判断です。

法的性質の違い

	修正申告	更正処分
主体	納税者が自ら行う申告行為	税務署長による行政処分
不服申立て	原則としてできない	できる(再調査の請求・審査請求・訴訟)

修正申告は納税者自身の意思表示であるため、後になって「あの処理は間違っていた」と思っても、原則として取り消しを求めることはできません。この点が、更正処分との最大の違いです。

実務における「折衝」という現実

条文や制度論だけでは語り尽くせないのが実務の現場です。たとえば10項目の指摘を受けた場合、そのうち法令解釈上明確に非がある3項目だけ修正申告に応じ、グレーな残り7項目は調査官に取り下げてもらう、といった折衝による決着が実際には多く行われています。

これは、

調査官側も全項目を更正処分で押し通せば、内部の決裁・審理の手間や不服申立てリスクを抱える
納税者側も全面対決すれば時間・コスト・関係悪化のリスクを負う

という双方の事情から生まれる、条文には表れない実務上の均衡点です。しゃくし定規に「白黒つける」のではなく、指摘事項に優先順位をつけ、金額の小さい項目から譲歩材料にするといった調整力が、経験を積んだ税理士の実務知と言えます。

3. 「正当な理由」とは何か－最高裁が示した規範

最高裁平成18年4月20日判決(民集60巻4号1611頁)

国税通則法65条の「正当な理由があると認められる」場合について、最高裁は次のように判示し、初めて明確な規範を示しました。

※条文番号について:判決当時は「65条4項」でしたが、その後の条文改正により、現行法では65条5項1号が正当な理由に関する規定です。旧稿・判例評釈等では「4項」の表記のまま引用されていることが多いため、現行条文と照合する際はご注意ください。

真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいう

判断要素は次の2つです。

客観的事情:納税者の責めに帰することのできない、真に客観的な事情があること
賦課の当否:制度趣旨に照らしても、なお賦課が不当・酷といえること

単に「落ち度がなかった」というだけでは足りず、制度趣旨に照らした実質判断が求められる点が重要です。

なお、この判決自体の事案(確定申告手続を委任された税理士が納税者に無断で虚偽記載をした事案)では、正当な理由は否定されています。納税者が「税務署職員から示された税額よりも相当低い税額で済む」との税理士の言葉を信じて確認を怠ったという落ち度があった一方、税務署職員が脱税行為に加担した事実は認められなかったことが理由です。

対比される判例

近接した時期に、似た論点で結論が分かれる判決が並んでいます。

判決	事案	結論
最一判平18.4.20	税理士の甘言を安易に信じて過少申告、納税者に確認義務違反あり、税務署職員の加担なし	正当な理由否定
最三判平18.4.25	税理士と税務署職員が共謀して虚偽の確定申告	正当な理由肯定
最三判平18.10.24	ストックオプション事件(課税庁の見解変更、周知不足)	正当な理由肯定

平18.4.20と平18.4.25はいずれも「税理士による不正申告」という点で共通していますが、税務署側の関与の有無、そして納税者本人が確認義務を尽くしたかという2つの軸で結論が分かれています。最高裁が「比較衡量説」を採用したと明言しているわけではありませんが、両判決を対比すると、納税者側と課税庁側それぞれの帰責性を比較する判断として理解することができます。

最高裁平成16年7月20日判決(パチンコ平和事件)

正当な理由が否定されたもう一つの著名な判例です。

事案:同族会社の代表者が、自社に対して3,455億円という巨額の金員を無利息・無期限・無担保で貸し付けた。所得税法157条(同族会社の行為計算の否認)の適用により利息相当分が雑所得として課税された。

納税者の主張:国税局職員が編集・監修に関与した解説書に「会社への無利息貸付けをした代表者個人に所得税が課されることはない」旨の記載があり、これを信頼して申告した。

最高裁の判断:この規模の無利息・無担保貸付けは不合理・不自然な経済活動であり、代表者の経営責任を果たすためのものとは認め難い。また、解説書の記述は「経営責任の観点から無利息貸付けに社会的・経済的に相当な理由があること」を前提とするものであり、本件はその前提を欠くため、解説書への依拠は正当な理由とはならないとしました。

通常、同族会社の代表者による自社への無利息貸付けは、経営責任・資金繰り支援としての合理性が認められやすく、特段の課税問題は生じないという実務運用が定着しています。しかし本件は金額の桁が経営責任論で正当化できる範囲を大きく超えていたため、「国税局監修の解説書というお墨付きを信頼しても救われない」という衝撃とともに、業界で大きな話題となりました。

この2つの判例(平16.7.20・平18.4.20)に共通するのは、「公的な解説・専門家の言葉を信頼した」という外形だけでは正当な理由は認められず、①信頼の対象・前提となる事実関係が本件に適合していたか、②納税者本人が通常期待される確認を怠っていなかったか、という実質判断が行われるという点です。

4. 「正当な理由」の実務上のポイント

これまでの判例を踏まえ、実務上の判断ポイントを整理すると次の4点に集約されます。

法律の不知は正当な理由に該当しない(事務運営指針にも明記)
税務職員の誤指導等があっただけで、直ちに信義則の適用や正当な理由が認められるわけではない。実務・裁判例上は、納税者側と課税庁側それぞれの帰責性の大小を比較する、いわゆる比較衡量的な判断がなされることが多いとされる(国税不服審判所でも、相談時に職員が把握していなかった事実が後日判明したケースで正当な理由を否定した例がある)
正当な理由により過少申告加算税・無申告加算税が課されない場合、重加算税も課されない
通達改正によって課税庁の公的見解が変更された場合、変更されるまでの間に旧通達に従って申告していたケースは、正当な理由が認められ得る(最三判平18.10.24)

源泉徴収における「正当な理由」の特殊性

源泉徴収税額は「自動的に確定するもの」であるため、源泉徴収義務者自身が源泉徴収の要否を判定できることが前提となります。不納付加算税の正当な理由も、この点を踏まえて判断されます。

大阪高裁平成3年9月26日判決は、源泉徴収義務者が、給与所得者の申告内容に特に不審な点がなく、それに基づき納付税額が正しく算出されている限り、後日の税務調査で非違が発覚しても、法定納期限までの不足額の未納付について正当な理由があるとしました。

5. 更正の予知－「客観的確実時期」論(東京地裁平成24年9月25日判決)

制度趣旨

国税通則法65条(改正前5項、現6項)は、修正申告書の提出が「調査があったことにより更正があるべきことを予知してされたものでないとき」は、過少申告加算税を賦課しない旨を定めています。この判決は、その趣旨を「課税庁の事務負担軽減も勘案しつつ、自発的に修正申告を決意した者を優遇し、これを奨励すること」にあると解しました。

判断基準

判決は、「更正があるべきことを予知してされたものでないとき」の判断を次のように整理しました。

調査の性質:当該調査が納税者の修正申告の自発性の否定につながる内容のもの、すなわち当初申告が不適正であることの発見につながる調査であったこと
予知の意義:「予知した」とは、単に更正される主観的・一般的・抽象的な可能性があるにとどまらず、更正されることについて客観的に相当程度の確実性がある段階に達した後に、更正に至るべきことを認識したことをいう

具体的には、①税務職員が調査に着手し、②申告の不適正性を発見するに足りる、あるいはその端緒となる資料を発見し、③これにより更正に至るであろうことが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階(「客観的確実時期」)に達した後に、④納税者がやがて更正に至るべきことを認識した上で修正申告を決意し提出した、という一連の流れに該当しないことをいう、とされています。

実務上の留意点(平成28年度改正後)

この判決は平成28年度税制改正前の法律関係を前提としています。改正後は「調査通知」という概念が新設され、調査通知後に行われた修正申告は、たとえ更正を予知していなくても5%の加算税の対象となります(平成29年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税から適用)。

つまり、この判決が問題にした「調査着手から客観的確実時期まで」の間の修正申告についても、現行法下では、調査通知後であれば、更正予知前であっても原則として5%の過少申告加算税が課される点が、旧法時代との大きな違いです。「更正を予知していたか」という実質判断に加えて、「調査通知の有無」という形式基準が導入された点は、クライアントへの説明でも整理して伝える価値があります。

6. 書面添付制度と意見聴取－加算税を回避するもう一つのルート

税理士法35条1項の構造

書面添付(33条の2の書面)がある申告書について、税務官公署の職員は、帳簿書類の調査の日時場所を通知する前に、その書面を提出した税理士に対し、記載事項について意見を述べる機会(意見聴取)を与えなければなりません。

制度の核心

国税庁の公式Q&Aによれば、意見聴取における質疑等は、調査を行うかどうかを判断する前に行われるものであり、特定の納税義務者の課税標準等又は税額等を認定する目的で行う「調査」には当たりません。

そのため、意見聴取における質疑等のみに基因して修正申告書を提出した場合、その修正申告は、調査があったことにより更正があるべきことを予知してされたものには当たりません。

ただし、加算税が課されないのは、その修正申告書を意見聴取後、調査通知前までに提出した場合に限られます。調査通知後に提出した場合には、更正予知前であっても5%の過少申告加算税の対象となります。

加算税回避の全体像における位置づけ

段階	内容	加算税
調査通知前の意見聴取後	意見聴取の質疑等に基因し、調査通知前に修正申告	0%
調査通知前の自主修正	更正予知前の自発的修正	0%
調査通知後・更正予知前	調査通知後に修正申告	原則5%
更正予知後・更正処分	更正予知後の修正申告又は更正	原則10%(第2項の基準額を超える部分はさらに5%加重)

書面添付があり、実地調査が予定され通常の調査通知が行われる場合には、原則として、その通知前に意見聴取の機会が確保されます(ただし、事前通知を要しない調査の場合など、意見聴取が行われないケースもあります)。書面添付をほぼ全件で適用している事務所にとって、この制度は極めて強力な防御機能を持ちます。意見聴取における質疑等に基因して誤りに気づいた場合には、調査通知前に速やかに修正申告することで、原則として過少申告加算税を回避できます。

7. 国外財産調書制度と加算税の軽減・加重(国外送金等調書法5・6条)

制度概要

国外財産を一定額以上保有する居住者に、その内容を税務署へ提出させる制度で、適正な課税・徴収の確保を目的としています。

項目	内容
対象者	その年12月31日時点で、合計額が5,000万円を超える国外財産を有する居住者(非永住者を除く)
提出期限	翌年6月30日まで
期限内提出・適正記載がある場合	対象となる国外財産に係る過少申告加算税・無申告加算税を5%軽減
未提出・記載漏れがある場合	対象となる税額について5%加重
調査で国外財産関係書類の提示等を求められ、指定期限までに提出しない場合	期限内提出等による5%軽減は適用されず、未提出・記載漏れによる加重措置が適用される場合には、その加重割合が5%から10%となる
罰則	正当な理由のない故意の不提出・虚偽記載等について刑事罰の対象となり得る

「60日」という数字が登場するのは、調書の提出期限そのものではなく、税務職員から国外財産に関する書類の提示・提出を求められた場合の指定期限に関するルールです。修正申告等に関し過少申告加算税等の適用がある方が、その修正申告等の日前に、国外財産の取得・運用・処分に係る書類の提示等を求められた場合、求められた日から60日を超えない範囲内で、準備に通常要する日数を勘案して指定された期限までに提示等をしなかったとき(責めに帰すべき事由がない場合を除く)は、軽減措置が適用されなくなり、加重措置も10%に引き上げられる、という特例です。

実務上のアップデート

罰則の「懲役」は、刑法改正により「拘禁刑」に一本化されました(令和7年6月1日以後の行為から適用)。

また、期限後提出に関する救済措置(税務調査の通知前に提出すれば期限内提出とみなす取扱い)にも時期の限定があります。従来は、提出期限後であっても税務調査の通知前に提出した場合には期限内提出とみなす取扱いがありましたが、この救済措置は令和6年1月1日前に提出された国外財産調書に限られます。現在は、調査通知前の駆け込み提出であっても、当然に期限内提出扱いとなるものではない点に注意が必要です。

8. CRS(共通報告基準)－国外財産調書と対をなす情報捕捉網

制度の概要

海外の金融機関等が保有する日本居住者の口座情報(氏名、住所、残高、利息・配当の受取額等)が、現地の税務当局を通じて日本の国税庁へ提供される仕組みです。OECDが策定した国際基準「共通報告基準(CRS)」に基づき、各国税務当局が自国の金融機関から得た非居住者の口座情報を、租税条約等の情報交換規定に基づき居住地国の税務当局へ提供します。

平成27年度改正により、平成29年1月1日以後の新規口座開設者に居住地国等の届出義務
平成30年以後、毎年4月30日までに金融機関等が特定の非居住者の口座情報を報告
令和4年、OECDが報告事項を拡充する改訂を実施
令和6年度税制改正でこれを踏まえた見直しを実施、令和8年1月1日から改正後制度が施行され、令和9年以後は改正後の制度に基づき報告・交換が行われる

令和6年度改正の主な内容は、資金移動業者(電子決済手段の管理業者等)が新たに「報告金融機関等」の範囲に追加される点です。

なお、ここで注意すべきは、CRSの改訂と、暗号資産に関する情報交換制度であるCARF(暗号資産等報告枠組み)は、関連はあるものの別の制度だということです。電子マネーや中央銀行デジタル通貨などは改訂CRSの対象となり得る一方、暗号資産交換業者の口座情報を広く捕捉する中心的な制度は別途策定されたCARFです。OECDは既存のCRSを改訂するとともに、暗号資産についてはCARFを別建てで策定しており、「暗号資産関連口座もCRSに含まれる」と一括りに説明すると、両制度を混同することになるため注意が必要です。今後は、銀行・証券口座だけでなく、一定の電子マネーや暗号資産取引についても、国際的な自動的情報交換の対象が拡大していく方向にあります。

国外財産調書との関係

国外財産調書制度(納税者本人による自己申告)とCRS(金融機関経由の自動的情報交換)は、国外資産に対する二重の情報捕捉網を形成しています。国外財産調書の不提出リスクを説明する際、「CRSにより既に国税庁側に情報が渡っている可能性が高い」という実効性の裏付けとあわせて説明することで、クライアントへの説得力が高まります。

近畿税理士会の研修(講師:八ツ尾順一先生)でも指摘されている通り、海外に財産を持つ富裕層にとって、海外の金融機関の口座情報は既に自動的に把握される仕組みが整っており、「海外財産は国税庁に分からない」という前提はもはや成り立たない時代になっています。国外財産調書の未提出や記載漏れを軽視することのリスクは、この情報交換の実効性を踏まえて、クライアントに具体的に伝えるべきポイントと言えるでしょう。