賃貸物件を一括売買したときの土地・建物の価額区分｜固定資産税評価額比だけでよいのか

2026年11月12日

賃貸マンションやアパートなどの収益物件は、土地と建物が一体となって収益を生み、売買価格も「利回り」を基準に一体の総額として決まります。ところが税務では、その総額を土地と建物に区分しなければ申告ができません。

総額はすでに決まっているのに、土地と建物の配分だけが決まらない。 収益物件の売却で最も多くご相談をいただくのが、この場面です。仲介業者からは固定資産税評価額比による按分を提示されることがほとんどですが、それが常に最適とは限りません。

この区分をどう組み立てるかは、消費税・減価償却・譲渡所得のすべてに直結する、収益物件売買の実務における中心的な論点です。本稿では、実務でよく使われる方法とその使い分け、税務調査で問われやすいポイントを整理します。

1. なぜ土地と建物を区分しなければならないのか

一括で売買していても、税務上は次の三つの場面で区分が必要になります。

場面	区分が必要な理由
消費税	土地の譲渡は非課税、建物の譲渡は課税。建物対価が課税標準となる
減価償却（買主）	建物・附属設備部分のみが償却の対象となる
譲渡所得・譲渡損益（売主）	土地と建物で取得費・簿価の計算構造が異なる

買主にとっては、建物価額が大きいほど減価償却の対象額が増え、仕入税額控除を受けられる事業者であれば課税仕入れも増えます。一方、売主が課税事業者であれば、建物価額が大きいほど建物譲渡に係る消費税額が大きくなります。配分が当事者双方の税額に直接効いてくる論点であるという点が、この問題の難しさの根本にあります。

2. 法令・通達上の枠組み

消費税法施行令45条3項は、土地建物を一括譲渡し、それぞれの対価の額が合理的に区分されていない場合には、時価の比率によって按分する旨を定めています。消費税法基本通達10-1-5も同旨です。

裏を返せば、売買契約書で土地・建物の対価が区分され、その区分に合理的な根拠が認められる場合には、その契約上の区分が重要な判断材料となります。したがって実務上の勝負どころは、「区分してあるか」ではなく「その区分が合理的だと説明できるか」にあります。契約書に記載しさえすればそのまま通る、という趣旨ではありません。

国税庁の質疑応答等でも、合理的な区分方法として次のような複数の方法が示されています。

それぞれの譲渡時の時価（鑑定評価額など）の比率による按分
相続税評価額または固定資産税評価額を基礎とした按分
土地・建物の原価（取得費、造成費、建築費等）を基礎とした按分

重要なのは、これらは順位付けされた序列ではなく、いずれも「合理的方法の一つ」として並列に示されているということです。固定資産税評価額比が唯一の標準解というわけではありません。

3. 実務でよく使う三つのアプローチ

(1) 固定資産税評価額比による按分

もっとも簡便で、資料も入手しやすい方法です。

建物価額 ＝ 売買総額 × 建物固定資産税評価額 ÷（土地固定資産税評価額＋建物固定資産税評価額）

争いの少ない一般的な物件、当事者間に特殊関係がない第三者間取引では、これで足りるケースが多いのも事実です。

(2) 建物価額を先に決め、残額を土地とする方法

土地価額 ＝ 売買総額 － 建物価額

建物の帳簿価額、固定資産税評価額、建築年、構造、修繕履歴と今後の修繕見込額、残存使用可能年数、賃料水準といった具体的資料から建物の価額をまず決め、残りを土地とする方法です。

築古で大規模修繕を控えている物件、建物の賃貸競争力が明らかに低下している物件など、建物側の事情を数字で説明しやすい案件に向きます。

(3) 土地の路線価評価を参考に土地価額を検討し、残額を建物とする方法

土地側の価額を先に検討し、売買総額との差額から建物価額を求める方法です。

土地時価の参考値 ≒ 自用地として算定した路線価方式による評価額 ÷ 0.8
建物価額 ＝ 売買総額 － 土地価額

国税庁の路線価は、毎年1月1日を評価時点として、地価公示価格等を基にした価格の80％程度を目途に設定されています。そのため、自用地として算定した路線価方式による評価額を0.8で割り戻した金額は、土地の時価を検討する際の一つの参考値になります。

ただし、これは時価そのものを機械的に算定する公式ではありません。実際の売買時点との時点差、近隣の公示地価・基準地価、取引事例、土地の個別性などとの突合が必要です。

また、賃貸物件について貸家建付地等として減額された相続税評価額を、そのまま0.8で割り戻すものではありません。 土地そのものの価額を検討する場合には、原則として借家権等による減額前の自用地評価を基礎に検討します。

土地の立地、接道、形状、規模、用途地域などを評価過程に反映できるため、土地側から価額区分の合理性を説明したい案件では有効な検討方法です。法人成りに伴う個人から法人への売却など、土地・建物それぞれの時価の妥当性が問われやすい場面では、他の価格資料と併せて検討すると説明力が高まります。

4. 建物価額の検討方法と費用対効果

上記(2)(3)のいずれの方法を採るにせよ、その前提として建物価額の妥当性をどのように確認するかが問題になります。実務では、建物価額を直接算定する方法だけでなく、固定資産税評価額や未償却残高などの参考値も併せて検証します。

建物価額の算定・検証に利用できる主な資料や方法として、次のようなものがあります。

資料・方法	資料の入手	外部費用	実務での位置づけ
固定資産税評価額	課税明細書・評価証明書ですぐ入手	なし	出発点。ほぼ全件で押さえる
未償却残高	売主の固定資産台帳	なし	法人・事業用なら必ず突合。参考値の一つ
（再調達）原価からの算定	建築統計年報の構造別㎡単価×延床面積×経年減価	なし	上記2つの妥当性を裏から検証できる
鑑定評価額	不動産鑑定士へ依頼	数十万円	同族間・高額・争訟見込みの案件に限る
宅建業者の精通者意見	意見書の依頼先の確保が必要	実費〜	依頼先によって金額の幅が出やすい
実勢価格（売買実例等）	建物単独の実例が乏しい	情報収集コスト	収益物件では総額しか出ず、使いにくい

通常案件では鑑定評価まで求めないことが多い

当事務所では、特殊なケースを除き、まず上位3つ（固定資産税評価額・未償却残高・再調達原価）を比較・検証することで対応しています。多くの案件では、鑑定評価に費用をかけずに済みます。

理由は、この3つがそれぞれ拠って立つ根拠を異にしている点にあります。

固定資産税評価額 …… 課税庁側の評価体系による価額
未償却残高 …… 税務・会計上の残存簿価。時価そのものではないが、建物価額の妥当性を検証する参考値
再調達原価 …… 物理的な再建築コストに経年減価を加味した価額

3つの異なる観点から算出した参考値がおおむね同じレンジに収まっていれば、採用した建物価額の説明資料として有力です。無料で入手できる資料だけで、十分に説明力のある裏付けが作れるということです。

鑑定を検討すべき場面

逆に、3つの数値が大きく開く案件では、追加の検討が必要になります。典型的なのは次のようなケースです。

築古で未償却残高がほぼゼロ、固定資産税評価額も低いにもかかわらず、稼働率・賃料水準が高い物件
大規模修繕やリノベーションを実施済みで、簿価と実態が乖離している物件
同族間・関係会社間の取引で、時価の妥当性が正面から問われる可能性が高い取引
金額規模が大きく、区分の差異が税額に与える影響が無視できない取引

このような場合に限って鑑定評価や精通者意見の取得を検討すれば足ります。すべての案件で鑑定を取る必要はなく、開いた案件だけ費用をかけるという切り分けが、費用対効果の面でも合理的です。

5. 実務ではどう決めているか ── 3つを並べてバランスを取る

総額は先に決まっている

収益物件の売買では、総額はすでに決まっているのが通常です。賃料、入居率、利回りから買主が総額を判断し、交渉の結果として金額が固まります。売主・買主が悩むのは、その総額を土地と建物にどう振り分けるかという一点だけです。

このとき、不動産業者から提示されるのはほぼ例外なく固定資産税評価額比による按分です。計算が簡便で、根拠資料も課税明細書一枚で足りるためで、業者側の対応としては自然なものです。

しかし前章までに見たとおり、収益物件ではこの比率が実態とずれることがあります。そこで実務上は、方法を一つ選ぶのではなく、複数の方法で試算して並べるという進め方をします。

3つの数値を並べる

具体的には、次の3つを算出します。

検討方向	算出方法	得られるもの
① 建物から	建物の時価を算定 → 総額から控除	建物価額 → 差額が土地価額
② 土地から	自用地の路線価評価 ÷ 0.8 → 総額から控除	土地価額 → 差額が建物価額
③ 比率で	固定資産税評価額比で按分	土地・建物の双方

①は建物側の事情（築年数、構造、修繕履歴、稼働状況）を、②は土地側の事情（立地、接道、形状、規模）を、それぞれ価額に反映させる方向からのアプローチです。③は公的評価額を使って双方を一括して配分する簡便なアプローチです。

3つが近ければ、合理性を説明しやすい

3つの試算値がおおむね同じレンジに収まっていれば、そのなかから採用した金額は、どの方法によっても大きく外れない金額ということになります。この場合、採用金額そのものよりも、3つの観点から検証したという記録のほうが説明力を持ちます。

問題は開いた場合です。そのときは、まずなぜ開いたのかを特定します。

建物側の要因（築古で簿価・固定資産税評価額が極端に低い、大規模修繕直後で実態と乖離、など）
土地側の要因（路線価と実勢の乖離が大きい地域、地形・接道に特殊事情がある、など）
手法・資料側の要因（評価手法の性質の違い、資料の精度、評価時点のずれ、など）

原因が特定できれば、その乖離要因を適切に反映できる方法を中心に検討します。

たとえば、築古で建物の簿価や固定資産税評価額が実態と大きく乖離している場合には、土地側からの検討が有力になります。一方、土地側に特殊事情があり、路線価方式による参考値だけでは実勢を十分に捉えにくい場合には、建物側からの検討が有力になります。

ただし、いずれの場合も、一方の価額を決めて単純に残額を他方へ配分すれば足りるわけではありません。 残額として算出された土地または建物の価額についても、それ自体が合理的な金額であるかを別途確認することが重要です。国税庁の取扱いにおいても、土地の価額を先に算定して残額を建物とする方法は、その残額としての建物価額が相当と認められる場合に限って認められています。

否認リスクが高いと判断した場合

次のような案件では、上記3つの試算だけでは不十分と判断し、別の手法を検討します。

同族間・関係会社間の取引で、時価の妥当性が正面から問われる可能性が高い
取引金額が大きく、区分の差が税額に与える影響が無視できない
3つの試算値が大きく開き、その原因を資料で説明しきれない
一方当事者の税務上の要請（消費税、減価償却）が配分に強く働いている形跡がある

この場合は、鑑定評価額の取得、宅建業者の精通者意見の徴求、収益還元法による検証などを追加します。すべての案件で費用をかけるのではなく、リスクが高いと判断した案件に限って手当てをするという切り分けです。

時価には合理的な幅がある

ここで前提として押さえておきたいのが、時価の性質です。

不動産の時価は、必ずしも一点の金額として決まるものではありません。合理的な評価方法によって算定した場合でも一定の幅が生じます。収益物件であればなおさらで、収益価格、積算価格、土地の実勢、建物の状態、将来の修繕負担といった要素によって評価は動きます。

その合理的な価格帯の中で、売主・買主それぞれの事情を踏まえて交渉し、最終的な土地・建物の区分を合意するのが第三者間取引の実態です。

したがって重要なのは、「唯一正しい金額」を探すことではなく、合意した金額が合理的な評価レンジから外れておらず、その根拠を説明できることです。

前項までに述べた3つの試算は、正解を当てるための作業ではなく、合理的な評価レンジの輪郭をつかむための作業だとご理解いただくとよいと思います。

3つの試算がおおむね近い水準に収まれば、評価の方向性が収れんしていることが確認できます。一方、大きく開く場合には、物件固有の事情だけでなく、各評価方法の性質や前提条件の違いも含め、その乖離の原因をさらに検討する必要があります。

売主と買主の税務上の利害も確認する

建物価額の配分は、売主・買主双方の税務に影響します。

買主にとっては、建物価額が大きくなれば減価償却の対象額が増えます。また、課税仕入れとして仕入税額控除を受けられる事業者であれば、建物に係る消費税額も重要になります。

一方、売主が課税事業者であれば、建物価額が大きいほど建物譲渡に係る消費税額も大きくなります。

このため、第三者間取引では土地・建物の配分について一定の利害調整が働くことがあります。ただし、買主の消費税上の立場などによっては、必ずしも売主と買主の利害が正反対になるとは限りません。買主が免税事業者である場合や課税売上割合が低い場合には、仕入税額控除を十分に受けられないため、建物価額を抑える方向で売主と利害が一致することもあります。

したがって、第三者間で合意された区分であることは合理性を判断する一つの事情にはなりますが、それだけで区分金額が合理的であることを保証するものではありません。

とくに同族法人間や関係会社間では、第三者間取引のような価格交渉による牽制が働きにくいため、外部資料による時価の裏付けをより慎重に行う必要があります。

6. 賃貸物件で固定資産税評価額比が弱くなりやすい理由

固定資産税評価額比による按分が「不合理」というわけではありません。しかし収益物件では、次のようなズレが生じやすい点に注意が必要です。

論点	生じやすいズレ
土地評価	収益性、将来の利用可能性、再開発期待、立地プレミアムが反映されない
建物評価	税評価上の再建築費・経年減点補正と、実際の賃料獲得力・要改修額が乖離する
売買総額	総額は利回りから決まっており、土地・建物が独立に値付けされていない
消費税	形式的な比率操作により建物割合を意図的に動かせてしまう
買主の動機	賃料、入居率、利回り、将来の建替え可能性で総額を判断しており、固定資産税評価額と無関係

国税不服審判所の裁決や裁判例を見ても、固定資産税評価額比による按分が是認された事案がある一方で、鑑定評価額、積算価格、収益価格を考慮した比率によるべきとされた事案もあります。対象物件の性質、取引の目的、そろえられる資料の質によって、何が合理的かは変わるというのが実務の実感です。

7. 税務調査で最初に見られるポイント

どの方法を採るにせよ、調査で真っ先に確認されるのは次の二点です。

① 売買契約書に土地・建物の税抜対価と消費税額が明確に区分されているか

契約書に区分の記載がなければ、そもそも「合理的に区分されていない」場合として、課税庁側の按分計算が前面に出てきます。区分は必ず契約書段階で確定させておくべきです。

② 売主・買主が同じ金額で申告しているか

売主が土地を大きく、買主が建物を大きく計上しているといった不整合は、双方の申告内容の照合で容易に把握されます。逆に、当事者双方が同一金額で処理していることは、契約時に実際に合意された区分であることを裏付ける重要な事情となります。

もっとも、双方が同じ金額で申告していれば直ちにその金額が時価として合理的である、ということまでは意味しません。とくに同族法人間や関係会社間の取引では、金額そのものの妥当性を別途裏付ける必要があります。

8. 実務メモの記載例

鑑定評価を取得しない通常案件でも、次のような短い記録を残しておくことで、区分の合理性を後日説明できます。

本件は土地および賃貸建物を一体として譲渡する取引であり、契約総額は○円（税抜）である。土地は、自用地として算定した路線価方式による評価額○円を基礎とし、所在地、接道状況、形状、規模、用途地域、利用状況および近隣取引水準を踏まえ、当該評価額を0.8で除した○円を土地時価の参考値とした。

建物価額は、売買総額から土地価額を控除した○円とする。この金額は、建物の帳簿価額○円、固定資産税評価額○円、築年数○年、構造○○、稼働状況、賃料水準、修繕履歴および今後の修繕見込額に照らして、著しく不合理ではないと判断した。

なお、固定資産税評価額比による形式的按分ではなく、本件収益物件の価格形成および上記資料を総合考慮して配分したものである。

この形であれば、「土地を低く見積もり、課税対象である建物を意図的に高く配分した」との指摘に対して、土地側の評価根拠と建物側の残額の合理性の双方から反論できます。