中小企業経営者必見！有償ストックオプションと従業員持株会の違いを税理士が解説

2026年2月7日2026年5月12日

はじめに

中小企業では、優秀な従業員や幹部社員に長く働いてもらうための仕組みとして、有償ストックオプションや従業員持株会の導入を検討するケースがあります。どちらも「従業員に会社の成長メリットを還元する制度」ですが、目的・税務・運営方法は大きく異なります。

有償ストックオプションは、将来の株価上昇による利益を役員や幹部社員に与えるインセンティブ制度です。会社の成長に貢献してもらう動機づけとして有効で、M&AやIPOを見据えた資本政策でも活用されることがあります。

一方、従業員持株会は、従業員が実際に自社株式を保有する制度です。従業員の帰属意識を高める効果があるほか、中小企業では安定株主対策や事業承継対策として検討されることもあります。ただし、株式の時価評価、給与課税、退職時の買取ルール、議決権の管理など、実務上の注意点も少なくありません。

特に中小企業の非上場株式は市場価格がないため、株価算定を誤ると、思わぬ給与課税や贈与税課税、源泉徴収漏れにつながる可能性があります。制度の名前だけで判断するのではなく、「誰に何を期待する制度なのか」「会社の資本政策や事業承継にどう影響するのか」を整理して選択することが重要です。

この記事では、有償ストックオプションと従業員持株会の違いについて、税務・実務・導入目的の観点から、中小企業経営者向けに尼崎の税理士がわかりやすく解説します。

有償ストックオプションは、将来の株価上昇による利益を従業員に与えるインセンティブ制度です。

上場企業で多く採用されていますが、中小企業でも株価算定を行えば導入可能です。「将来の会社の成長にコミットしてもらう」ための報酬色が強い制度と言えます。

従業員持株会は、従業員に実際の株主になってもらう制度です。

中小企業では、親族や役員だけが参加する小規模な持株会も多く見られます。主な目的は「安定株主づくり」や「資本政策」です。

公正価値と同額を支払って取得すれば、給与課税はありません。いわゆる「有償SO」は、この課税関係がクリアで使いやすいのが特徴です。

行使価額（契約で定めた金額）と時価が一致していれば課税なし。ただし、中小企業では時価を低く見積もりすぎると給与課税リスクがあるため、適正な株価算定が必須です。

株式を売却した際の利益は譲渡所得として20.315%の税率が適用されます。

結論：税務リスクが少ない有償SOなら、中小企業でも安全に導入可能です。

従業員が時価で株式を取得するのが原則です。もし時価より安く譲渡すると、差額は給与課税の対象となり、源泉徴収が必要になります。

配当金は配当所得として課税されます（総合課税または申告分離課税）。ただし、小規模非上場会社の場合、配当がほとんど出ないケースが多いでしょう。

売却益は譲渡所得として20.315%の課税。

注意点：中小企業では「時価算定が曖昧」「役員だけが参加」といった状況になりがちで、給与課税リスクの管理が必須です。

単発の制度設計で完了するため、運営負担が軽いのがメリットです。

運営コストが重く、中小企業には意外と負担になることがあります。

制度	導入のしやすさ	税務リスク	運営コスト	主なメリット
有償SO	◎ 導入しやすい	○（株価算定必須）	◎ 低い	成長インセンティブに強い
従業員持株会	△ 小規模だと形骸化	△（時価管理要注意）	× 重い	安定株主対策に有効