医療費控除の確定申告、税務署に行かなくても自宅のパソコンやスマートフォンから簡単にできることをご存知ですか？
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば、画面の案内に沿って入力するだけで申告書が作成でき、そのままe-Taxで送信（提出）まで完了します。税額も自動計算されるので計算ミスの心配もありません。
この記事では、医療費控除の確定申告をネットで行う具体的な手順をわかりやすく解説します。
医療費控除とは
医療費控除とは、1年間（1月1日～12月31日）に支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得から控除を受けられる制度です。
控除額の計算式
支払った医療費 － 保険金等で補てんされた金額 － 10万円（または所得の5％のいずれか少ない方）＝ 医療費控除額（最高200万円）
ご本人だけでなく、生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も合算できます。
申告前に準備するもの
ネットで確定申告を行う前に、以下のものを準備しましょう。
必ず必要なもの
- マイナンバーカード（またはe-Tax用のID・パスワード）
- 源泉徴収票（給与所得者の場合）
- 医療費の領収書または医療費通知（健康保険組合等から届くもの）
- 還付金を受け取る銀行口座情報
あると便利なもの
- マイナンバーカード読み取り対応のスマートフォン
- ICカードリーダライタ（パソコンで申告する場合）
- 医療費集計フォーム（国税庁サイトからダウンロード可能）
申告方法は2種類
ネットで確定申告する方法は主に2つあります。
1. マイナンバーカード方式（おすすめ）
マイナンバーカードとスマートフォン（またはICカードリーダライタ）を使って申告する方法です。マイナポータル連携を利用すると、医療費通知情報を自動で取り込むことができ、入力の手間が大幅に省けます。
2. ID・パスワード方式
事前に税務署でID・パスワードを発行してもらい、それを使って申告する方法です。マイナンバーカードがなくても申告できますが、令和7年10月以降は新規発行が停止される予定のため、今後はマイナンバーカード方式への移行が推奨されています。
【実践】確定申告書等作成コーナーでの申告手順
それでは、実際の申告手順を見ていきましょう。ここではマイナンバーカード方式での手順を説明します。
STEP1：確定申告書等作成コーナーにアクセス
国税庁の確定申告特集ページ（https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/）にアクセスし、「確定申告書等作成コーナー」をクリックします。
STEP2：作成開始と提出方法の選択
「作成開始」ボタンをクリックし、提出方法として「e-Tax（マイナンバーカード方式）」を選択します。スマートフォンで申告する場合は「スマートフォンを使用してe-Tax」を選びます。
STEP3：マイナポータル連携の設定
マイナポータル連携を利用すると、健康保険組合等からの医療費通知情報を自動で取得できます。画面の案内に従って連携設定を行いましょう。
マイナポータル連携のメリット
- 医療費通知情報が自動入力される
- 入力ミスを防げる
- 領収書を1枚1枚入力する手間が省ける
STEP4：申告書の種類を選択
「所得税」を選択し、次の画面で該当する申告内容を選びます。給与所得者で医療費控除のみの場合は、簡易な質問に答えていくだけで適切な申告書が作成されます。
STEP5：源泉徴収票の入力
お手元の源泉徴収票を見ながら、支払金額や源泉徴収税額などを入力します。マイナポータル連携を設定していれば、勤務先が提出した源泉徴収票の情報が自動入力されることもあります。
STEP6：医療費控除の入力
「控除」の項目から「医療費控除」を選択します。入力方法は以下の3つから選べます。
入力方法1：医療費通知を利用（マイナポータル連携）
マイナポータル連携で取得した医療費通知情報を読み込みます。自動入力されるので最も簡単です。
入力方法2：医療費集計フォームを利用
事前に国税庁サイトからダウンロードしたExcelの「医療費集計フォーム」に医療費を入力しておき、そのデータを読み込む方法です。領収書が多い方におすすめです。
入力方法3：直接入力
画面上で医療費を1件ずつ入力します。件数が少ない場合はこの方法が手軽です。
入力する項目
- 医療を受けた人の氏名
- 病院・薬局などの名称
- 医療費の区分（診療・治療費、医薬品購入など）
- 支払った医療費の金額
- 保険金等で補てんされた金額
STEP7：入力内容の確認
すべての入力が完了したら、申告書の内容を確認します。還付される金額も自動計算されて表示されます。
STEP8：電子署名と送信
内容に問題がなければ、マイナンバーカードで電子署名を行い、申告書を送信します。スマートフォンでマイナンバーカードを読み取る画面が表示されるので、案内に従って操作してください。
STEP9：受付完了の確認
送信が完了すると、受付番号が表示されます。この番号は控えておきましょう。申告データはPDFで保存しておくことをおすすめします。
医療費の領収書は保管が必要
医療費控除の申告では、領収書の提出は不要になりましたが、税務署から確認を求められた場合に提示できるよう、申告した年から5年間は自宅で保管しておく必要があります。
よくある質問
Q：いつまでに申告すればいいですか？
還付申告（税金が戻ってくる申告）の場合は、確定申告期間（例年2月16日～3月15日）に関係なく、申告したい年の翌年1月1日から5年間いつでも申告できます。令和6年分の医療費控除は、令和7年1月1日から令和11年12月31日まで申告可能です。
Q：スマートフォンだけで申告できますか？
はい、スマートフォンだけで申告から送信まで完了できます。マイナンバーカード読み取り対応のスマートフォンが必要です。
Q：医療費が10万円以下でも申告できますか？
所得が200万円未満の方は、所得の5％を超える医療費があれば控除を受けられます。10万円以下でも申告できる場合がありますので、確認してみてください。
Q：交通費も医療費控除の対象になりますか？
通院のための公共交通機関の交通費は医療費控除の対象になります。ただし、自家用車のガソリン代や駐車場代は対象外です。
まとめ
医療費控除の確定申告は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば自宅から簡単にできます。特にマイナポータル連携を活用すれば、医療費通知情報の自動入力で手間を大幅に削減できます。
医療費が多くかかった年は、ぜひネットでの確定申告にチャレンジしてみてください。
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