中小企業経営者必見！有償ストックオプションと従業員持株会の違いを税理士が解説

2026年2月7日

はじめに

「優秀な従業員に長く働いてもらいたい」「幹部社員にインセンティブを与えたい」――そんな経営者の皆様から、ストックオプションや従業員持株会についてのご相談を多くいただきます。

しかし、この2つの制度は似ているようで、実は目的も税務も運営方法も大きく異なります。制度選択を誤ると、思わぬ税務リスクや運営コストの負担が発生することも。

今回は、中小企業でよく検討される「有償ストックオプション」と「従業員持株会」について、税務・実務・目的の3つの観点から、専門家として押さえるべきポイントを分かりやすく解説します。

有償ストックオプションは、将来の株価上昇による利益を従業員に与えるインセンティブ制度です。

上場企業で多く採用されていますが、中小企業でも株価算定を行えば導入可能です。「将来の会社の成長にコミットしてもらう」ための報酬色が強い制度と言えます。

従業員持株会は、従業員に実際の株主になってもらう制度です。

中小企業では、親族や役員だけが参加する小規模な持株会も多く見られます。主な目的は「安定株主づくり」や「資本政策」です。

公正価値と同額を支払って取得すれば、給与課税はありません。いわゆる「有償SO」は、この課税関係がクリアで使いやすいのが特徴です。

行使価額（契約で定めた金額）と時価が一致していれば課税なし。ただし、中小企業では時価を低く見積もりすぎると給与課税リスクがあるため、適正な株価算定が必須です。

株式を売却した際の利益は譲渡所得として20.315%の税率が適用されます。

結論：税務リスクが少ない有償SOなら、中小企業でも安全に導入可能です。

従業員が時価で株式を取得するのが原則です。もし時価より安く譲渡すると、差額は給与課税の対象となり、源泉徴収が必要になります。

配当金は配当所得として課税されます（総合課税または申告分離課税）。ただし、小規模非上場会社の場合、配当がほとんど出ないケースが多いでしょう。

売却益は譲渡所得として20.315%の課税。

注意点：中小企業では「時価算定が曖昧」「役員だけが参加」といった状況になりがちで、給与課税リスクの管理が必須です。

単発の制度設計で完了するため、運営負担が軽いのがメリットです。

運営コストが重く、中小企業には意外と負担になることがあります。

制度	導入のしやすさ	税務リスク	運営コスト	主なメリット
有償SO	◎ 導入しやすい	○（株価算定必須）	◎ 低い	成長インセンティブに強い
従業員持株会	△ 小規模だと形骸化	△（時価管理要注意）	× 重い	安定株主対策に有効