逆さ合併の実務手順｜完全支配関係の構築と株式併合・株式分割による合併比率１対1

2026年2月10日

逆さ合併の実務手順

～債務超過会社を合併法人とする組織再編の実務～

当事務所で実行した逆さ合併の手順を紹介しています。国税局の審理課にも確認済みの方法です。逆さ合併を検討してる方の参考になれば幸いです。逆さ合併を実行する際には必ず国税局又は国税局の審理課に判断を仰いでください。　松野

1. 逆さ合併とは

逆さ合併とは、通常の合併とは逆に、規模の小さい会社や債務超過の会社が合併法人（存続会社）となり、規模の大きい優良会社が被合併法人（消滅会社）となる合併のことをいいます。

通常の合併では、規模の大きい優良会社が存続会社となりますが、事業上の許認可、不動産の名義変更の煩雑さ、取引先との契約関係の維持など、実務上の理由から、あえて逆の形態を選択するケースがあります。

【根拠条文】会社法第748条～第750条（合併の効力）

会社法第749条第1項：吸収合併存続株式会社は、吸収合併契約の定めに従い、吸収合併消滅会社の権利義務の全部を承継する。

※ 合併法人・被合併法人の選択は当事者の合意に基づき、規模の大小は法律上の要件ではありません。

2. 逆さ合併を選択する理由

逆さ合併を選択する主な理由は以下のとおりです。

（1）許認可の維持

合併法人（存続会社）がホテル業や建設業など許認可事業を営んでいる場合、被合併法人にすると許認可の再取得が必要になる場合があります。許認可を維持するために、当該法人を存続会社とする逆さ合併を選択します。

（2）不動産登記の煩雑さの回避

合併法人が多数の不動産（土地が1,000筆以上など）を所有している場合、被合併法人にすると全ての不動産について合併による所有権移転登記が必要になります。逆さ合併により、不動産を保有する法人を存続会社とすることで、この手続を回避できます。

（3）契約関係の維持

合併法人が多数の取引先との契約を有している場合、存続会社とすることで契約の承継手続を省略できます。

【根拠条文】不動産登記法・各種業法

不動産登記法第63条第1項：合併による所有権移転登記は、存続会社が単独で申請できる。

旅館業法第3条：旅館業を営もうとする者は、都道府県知事の許可を受けなければならない。

※ 合併により被合併法人が消滅すると、被合併法人名義の許認可は原則として失効するため、再取得が必要となります。

3. 逆さ合併の事前準備

3-1. 株主間贈与の問題と対策

逆さ合併において最も注意すべき税務上の問題は、株主間贈与の課税リスクです。

債務超過会社を合併法人とし、優良会社（株式評価額10億円等）を被合併法人とする場合、合併法人の少数株主は、合併により株式の評価が極端に上昇します。この場合、相続税法第9条のみなし贈与として課税される可能性があります。

【注意】株主間贈与の課税リスク

合併法人の少数株主は、逆さ合併により株式の評価が極端に上昇してしまい、株主間贈与として課税されると考えられます。この問題を回避するための事前対策が不可欠です。

【根拠条文】相続税法第9条（その他の利益の享受）

相続税法第9条：対価を支払わないで、又は著しく低い価額の対価で利益を受けた場合においては、当該利益を受けた時における当該利益の価額に相当する金額を、当該利益を受けた者が贈与により取得したものとみなす。

相続税法基本通達9-2(4)：合併に際し、合併法人の株式の価額が増加した場合において、その増加した部分に対応する株式を有する者に対し贈与があったものとして取り扱う。

3-2. 少数株主の持株取得

株主間贈与を回避するため、逆さ合併の実行前に、被合併法人（優良会社）が合併法人（債務超過会社）の少数株主の持株を取得します。

合併法人が債務超過である場合、少数株主の持株の取得金額は、株式の実質的価値がないことから1円で取得することが可能と考えられます。

【根拠条文】法人税法施行令第119条の3（有価証券の取得価額）

法人税法施行令第119条の3：有価証券の取得価額は、その取得の態様に応じて定められた金額とする。

※ 債務超過会社の株式は実質的価値がゼロであるため、1円での取得も合理的と考えられます。

3-3. 元少数株主への株式譲渡

元少数株主が合併後も株式を必要とする場合は、被合併法人（優良会社）の株式を一の者（個人株主）から買い取ります。個人間の譲渡であるため、取引相場のない株式の評価は配当還元方式を適用することが可能です。

【根拠条文】財産評価基本通達188-2（配当還元方式）

財産評価基本通達188：同族株主以外の株主等が取得した株式の価額は、配当還元方式により評価する。

財産評価基本通達188-2：配当還元価額は、その株式に係る年配当金額を10%で除して計算した金額とする。

※ 少数株主間の個人間譲渡であれば、配当還元方式による低い評価額での取得が可能です。

3-4. 完全支配関係の構築

上記の手続により、一の者（個人）が被合併法人・合併法人双方の株式を100%保有する形（完全支配関係）を構築します。これにより、合併法人と被合併法人の間で完全支配関係が成立し、適格合併の要件を満たすことが可能になります。

【根拠条文】法人税法第2条第12号の8（適格合併の定義）

法人税法第2条第12号の8イ：合併法人と被合併法人との間にいずれか一方の法人による完全支配関係がある場合の合併で、合併対価として合併法人の株式以外の資産が交付されないもの。

法人税法第2条第12号の7の6：完全支配関係とは、一の者が法人の発行済株式等の全部を直接又は間接に保有する関係をいう。

法人税法施行令第4条の2：一の者との間に完全支配関係がある法人相互の関係を含む。

4. 合併比率の調整　非常に重要な論点

4-1. 株式併合・株式分割による調整

合併比率を1対1にするため、合併法人の発行済株式数を被合併法人の発行済株式数に一致させる工夫を行います。

具体的には、合併法人の株式をまず1株に株式併合した上で、被合併法人と同じ株式数に株式分割します。例えば、被合併法人の発行済株式数が1,156,451株のように端数がある場合でも、同じ株式数に調整します。種類株式がある場合には、種類株式ごとに同数にする必要があります。

【根拠条文】会社法第180条・第183条（株式併合・株式分割）

会社法第180条第1項：株式会社は、株式の併合をすることができる。

会社法第180条第2項：株式の併合をしようとするときは、株主総会の特別決議によらなければならない。

会社法第183条第1項：株式会社は、株式の分割をすることができる。

会社法第183条第2項：株式の分割をしようとするときは、取締役会設置会社は取締役会の決議による。

※ 株式併合は株主総会特別決議、株式分割は取締役会決議（取締役会非設置会社は株主総会普通決議）が必要です。

4-2. 合併比率1対1の意義

合併比率を1対1にすることで、合併対価の計算が簡明になり、端数株式の処理が不要になります。完全支配関係下での合併であるため、合併比率は当事者間の合意で自由に定めることができます。

【実務ポイント】合併比率の調整手順

① 合併法人の発行済株式を1株に併合（株主総会特別決議）
② 1株を被合併法人の発行済株式数と同数に分割（取締役会決議）
③ 種類株式がある場合は種類ごとに同数に調整
④ これにより合併比率1対1が実現

5. 逆さ合併の実行

5-1. 合併契約の締結

合併法人（債務超過会社・存続会社）と被合併法人（優良会社・消滅会社）との間で吸収合併契約を締結します。

【根拠条文】会社法第749条（吸収合併契約の内容）

会社法第749条第1項：吸収合併契約においては、次に掲げる事項を定めなければならない。

一吸収合併存続会社及び吸収合併消滅会社の商号及び住所

二吸収合併消滅会社の株主に対して交付する吸収合併存続会社の株式の数又はその算定方法

三効力発生日

四その他法務省令で定める事項

5-2. 合併対価の交付

合併法人は被合併法人の株主に対し、合併法人の株式を1対1の比率で交付します。完全支配関係の子会社間合併では通常、無対価合併となりますが、逆さ合併では株式の交付が行われます。

【重要】株式継続保有見込み要件

逆さ合併では合併法人の株式が交付されるため、適格合併の要件として株式継続保有見込み要件に注意が必要です。被合併法人の株主が合併法人の株式を継続して保有する見込みがあることが要件となります。

【根拠条文】法人税法第2条第12号の8・法人税法施行令第4条の3

法人税法第2条第12号の8：適格合併の要件として、合併対価が合併法人の株式のみであること。

法人税法施行令第4条の3第4項：完全支配関係がある場合の合併で、対価が交付されるものについては、株式の継続保有見込みが必要。

※ 無対価合併では株式継続保有見込み要件は不要ですが、株式交付がある逆さ合併では当該要件の充足が必要です。

5-3. 適格合併の税務処理

完全支配関係下の適格合併に該当する場合、被合併法人の資産・負債は帳簿価額のまま合併法人に引き継がれます。被合併法人の繰越欠損金や各種引当金等についても、所定の要件のもとで引き継ぐことが可能です。

【根拠条文】法人税法第62条の2（適格合併の資産等の引継ぎ）

法人税法第62条の2第1項：適格合併が行われた場合には、被合併法人の合併の日の前日の属する事業年度終了の時における資産及び負債は、帳簿価額により合併法人に引き継がれたものとする。

法人税法第57条第2項：適格合併が行われた場合には、被合併法人の繰越欠損金は、所定の要件のもとで合併法人に引き継がれる。

6. 逆さ合併の手順まとめ（フロー）

手順	項目	内容
Step 1	少数株主の持株取得	被合併法人（優良会社）が合併法人（債務超過会社）の少数株主の持株を取得する。取得金額は1円（債務超過のため）。
Step 2	元少数株主への株式譲渡（必要な場合）	元少数株主が被合併法人の株式を個人株主から配当還元方式で取得する。
Step 3	完全支配関係の構築確認	一の者（個人）が両法人の株式を100%保有する状態を確認する。
Step 4	合併法人の株式併合	合併法人の発行済株式を1株に併合する（株主総会特別決議）。
Step 5	合併法人の株式分割	1株を被合併法人の発行済株式数と同数に分割する（取締役会決議）。
Step 6	合併契約の締結	吸収合併契約を締結する（合併比率1対1）。
Step 7	株主総会の承認	両法人において株主総会特別決議により合併契約を承認する。
Step 8	債権者保護手続	官報公告及び知れている債権者への個別催告を行う（1か月以上）。
Step 9	合併の効力発生	効力発生日に合併の効力が生じ、被合併法人は解散する。
Step 10	登記手続	合併法人の変更登記及び被合併法人の解散登記を行う。

7. 逆さ合併に関連する主要条文一覧

法令名	条文	内容
会社法	第180条・第183条	株式併合・株式分割
会社法	第748条～第750条	吸収合併の効力
会社法	第749条	吸収合併契約の内容
会社法	第783条・第795条	合併契約の承認（株主総会特別決議）
会社法	第789条・第799条	債権者保護手続
法人税法	第2条第12号の8	適格合併の定義
法人税法	第2条第12号の7の6	完全支配関係の定義
法人税法	第57条第2項	繰越欠損金の引継ぎ
法人税法	第62条の2	適格合併の資産・負債の引継ぎ
法人税法施行令	第4条の2	完全支配関係の範囲
法人税法施行令	第4条の3	適格合併の要件（詳細）
法人税法施行令	第119条の3	有価証券の取得価額
相続税法	第9条	みなし贈与（その他の利益の享受）
相続税法基本通達	9-2(4)	合併に伴う株主間贈与
財産評価基本通達	188・188-2	配当還元方式
不動産登記法	第63条	合併による所有権移転登記

8. 事例紹介

ケース：ホテル業を営む債務超過会社と優良会社の逆さ合併

【前提条件】

・一の者（個人）が優良会社の株式の99%、債務超過会社の株式の99%を保有
・優良会社の株式評価額：10億円
・債務超過会社：ホテル業を営み、保有する土地が1,000筆以上
・少数株主：各社1%を保有

本事例では、合併法人がホテル業を営んでおり、保有する土地が1,000筆ほどあることから、被合併法人にすると不動産登記手続が煩雑になること、またホテル業の許認可の関係から、逆さ合併を選択することになりました。

実施手順

被合併法人（優良会社）が合併法人（債務超過会社）の少数株主の持株を1円で取得
元少数株主が被合併法人の株式を個人株主から配当還元方式で取得
一の者による完全支配関係を構築
合併法人の株式を1株に併合後、被合併法人と同数（1,156,451株）に分割
合併比率1対1で吸収合併契約を締結・実行

逆さ合併を検討されている方の参考になれば幸いです。

９【重要】本スキーム実行上の補足と注意点　

【重要】本スキーム実行上の補足と注意点
逆さ合併は実務上のメリットが大きい反面、税務上の判断を誤ると多額の課税リスクが生じる可能性があります。実行にあたっては、以下の点について特に慎重な検討が必要です。

9-1. 「実質的」債務超過の判定（時価評価の必要性）
事前準備における「少数株主からの1円での株式取得」は、対象会社が実質的にも債務超過である場合にのみ認められます。
帳簿上が債務超過であっても、保有する土地に含み益がある場合や、営業権（のれん）に価値があるとみなされる場合は、株価がプラス評価となる可能性があります。この場合、1円での譲渡は「低額譲渡」と認定され、みなし贈与課税や寄附金課税の問題が生じます。
必ず税理士による土地・有価証券等の時価評価を行い、実質価値がマイナスであることを確認してください。

9-2. 繰越欠損金の利用制限（5年要件の壁）
本記事の手順では、合併の直前に完全支配関係を構築しています。
本件はグループ内の合併です。支配関係が生じてから5年を経過していないグループ内での合併（特定適格合併等）では、繰越欠損金の引継ぎや使用に厳格な制限（みなし共同事業要件など）が課されます。
特に、債務超過会社（合併法人）が持っている繰越欠損金を合併後の黒字と相殺して節税しようとする場合、要件を満たさないと、その欠損金が切り捨てられる（使用できない）リスクがあります。
「100%親子会社になったから当然に欠損金が使える」とは限らないため、組織再編税制の適用要件を詳細に確認する必要があります。

9-3. 租税回避行為への配慮
逆さ合併の主目的が「不動産登記費用の削減」や「許認可の維持」といった正当な事業目的ではなく、「単なる繰越欠損金の利用（租税回避）」のみであると税務署に判断された場合、行為計算否認規定（法人税法第132条の2）の適用を受けるリスクがあります。
事業上の合理的な理由を明確にし、取締役会議事録等にその経緯を詳細に記録しておくことが推奨されます。

※本記事の手順は一例であり、個別の案件ごとの資産状況や株主構成によって最適な手法は異なります。実行の際は、必ず組織再編に精通した税理士にご相談ください。